醫用滅菌器用于醫療之中，只有固體裝載的需求，例如各種醫用器械、設備，或者紗布、棉花等纖維織物，而實驗室滅菌器的使用目的中，既有滅菌液體的要求，也有滅菌固體的要求，對固體同時也有要求干燥的需要。因此，實驗室滅菌器需要固體和液體都能進行處理；而醫用只需要處理固體。
（一）醫用、實驗室滅菌器處理固體的操作
當滅菌器只需要處理固體時，其降溫過程非常簡單，只需要打開排氣閥，將腔內蒸汽快速釋放到排汽管道當中，腔內壓力快速下降，排出的蒸汽即帶來降壓，同時也帶走了熱量。當腔體內外壓力平衡后，腔門就可以開啟。的設備會在腔內外壓力平衡后采用真空泵抽取腔內剩余汽體，用負壓的方式確保滅菌裝載物可以快速和*的干燥并進一步降溫。
（二）實驗室滅菌器處理液體的操作
而滅菌器處理液體時，情況將變得復雜。通常的液體滅菌溫度在121℃，而在自然壓力下，121度的水溶液應當早已經蒸發為水蒸氣了；因此液體能夠維持在121℃同時保持液態的*原因，就是裝載物所處于的環境是高壓狀態。如果像固體滅菌器一樣在滅菌結束后快速排汽，液體就會快速蒸發，我們稱之為“爆沸"，液體將沖破容器，灑落到腔體的任何部位。
因此，只有實驗室用的滅菌器才需要處理液體滅菌，而液體滅菌有如下三種解決辦法。
1、自然冷卻法：
當采用固體滅菌器（醫用滅菌器）時偶爾需要進行液體滅菌時，可以采用液體滅菌的特別程序，進行自然冷卻。
（1）滅菌結束時，腔內還是高溫高壓，機器關閉排汽閥和進汽閥；讓整個機器自然冷卻。
（2）滅菌器裝載的液體向滅菌器內的汽體傳導熱量，汽體再將熱量傳導給腔體，腔體再傳導給夾層或者夾套，夾層向機器外部空間的氣體傳導熱量；通過加熱機器房間內空氣的同時，滅菌器的溫度也可以緩慢下降。
（3）由于溫度下降緩慢，因此充滿腔體的蒸汽的壓力也緩慢下降，避免液體出現爆沸。
這個方法非常節約直接成本，因為機器沒有任何的特殊設置，只要控制器設置特別的液體程序就可以了。但是對于長期進行液體滅菌的設備來說，這不是一個便宜的解決方法。
2、夾套（夾層）水冷法：
夾套冷卻是液體滅菌中較為常用的配置方法。在液體滅菌結束后，空壓機向腔內注入壓縮空氣，同時將冷水注入夾套，在夾套中帶走腔體熱量后，冷水變成熱水排出到室外；熱能被水帶走，不會向安裝滅菌器的操作空間和工作空間排放，即保證在相同空間中的其它設備和組件的壽命，也保障了相同工作空間人員的工作舒適程度。夾套冷卻法對設備也提出了其它額外的條件和要求：
（1）由于冷水進入夾套后，會導致腔體和夾套兩個材料迅速的熱脹冷縮效應。一般的滅菌器都采用腔體316L材質不銹鋼，夾套304材質不銹鋼；而這兩個材質的熱脹冷縮比率不一樣，快速的溫度變化會導致腔體和夾套產生巨大的內應力，導致腔體變形甚至破損；因此采用夾套水冷的液體滅菌器，都必須要求腔體和夾套采用相同材料。而把夾套升級為316L不銹鋼會導致產品的成本明顯的上升。
（2）同時需要考慮的是冷卻水的結垢問題。由于腔體和夾套間是焊接固定的，就是說如果冷卻水采用自來水等普通能夠結垢的水，腔體夾層間的結垢會導致*性的損害，結垢無法在不破壞腔體的情況下清除；因此夾層冷卻要求冷卻水是純水（R.O.水，反滲水，脫鹽水）。在中大型設備中，冷卻水的用量略等于腔體容積；因此每個600升滅菌器的滅菌循環要消耗600升的純水，這不單增加了純水機的要求（大流量，高精度），同時也增加了水的消耗費用。
3、腔內冷卻法：
對液體滅菌的裝載物進行降溫的第三種方法，是腔內冷卻法。
（1）在方形腔體的兩側垂直腔壁內側以回型結構布置冷卻管路，管路的兩頭通過螺紋連接于穿透夾套和腔壁的水管接口。
（2）液體滅菌結束后，壓縮空氣被注入腔體，同時腔內冷卻管路注入冷水，冷水在回型結構的管路中進行熱交換，將腔內蒸汽冷凝成水，并帶走熱能排放到室外；
（3）壓縮空氣維持了腔內高壓，因此液體不會蒸發和爆沸。
（4）而回型的冷卻管路是可以拆卸的，因此不怕結垢；使用普通的自來水就可以進行這個冷卻工作，不需要大型的水處理裝置，也節省了在用水上的消耗。
（5）同時，熱被自來水帶走到室外排放，機器不會加熱室內空氣，不增加室內溫度和空調的工作量。
（6）由于降溫只作用于腔內，夾套（夾層）沒有冷卻，因此機器再次使用時可以迅速升溫并節約加熱的能源。
（7）由于不需要腔體向空氣中傳導熱量來降溫，因此腔體是被隔熱材料*包裹的，更加節約了熱能消耗，降低了室內溫度。
從長期使用來看，這是較為節約的一個應用方案；但是腔體和夾套的結構也較為復雜，設備的一次性投入相對較高。同時在腔體內部布置的回型管路占用了腔內空間大約5升左右，略微影響了裝載數量。
