一．開機程序
1．檢查穩壓器電源，打開電源，穩定5分鐘。
2．打開儲液箱，倒掉廢液,
并在廢液桶中加入400ml漂白水原液。打開壓力閥，取出鞘液桶，將鞘液桶加至4/5滿(一般可用三蒸水，做分選必須用PBS或FACSFlow)，合上壓力閥。確實蓋緊桶蓋，檢查所有管路是否妥善安置。
3．將FACSCalibur開關打開，此時儀器功能控制鈕的顯示應是STANDBY，預熱5－10分鐘。排出過濾器內的氣泡。
4．如果需要打印，打開打印機電源。
5．打開電腦,等待屏幕顯示出標準的蘋果標志。
6．執行儀器PRIME功能一次，以排除Flow cell中的氣泡。
7．分析樣品時，先用FACAFlow 或PBS進行HIGH RUN約2分鐘。
做過分選后，每次開機后需沖洗管道：向分選裝置上裝上兩個50ml離心管，不接通濃縮系統，摁下右下角白色按鈕開始沖洗。待自動停止
后接通濃縮裝置，同上法沖洗一次。
二．預設獲取模式文件(Acquisition Template Files)
1．從蘋果標志中選擇CELLQuest見一個新視窗，可利用此視窗編輯一個獲取模式文件。
2．選取屏幕左列繪圖工具中的Dot plot，繪出一個或多個Dot Plots(點圖)。從Dot Plot對話框中選取Acquisition作為圖形資料來源，并確定適當的x軸和y軸參數。
3．選取屏幕左列繪圖工具中的Histogram，同上法可繪出Histogram(直方圖)。
4．將此視窗命名后儲存于FACStation G3\BD Applications \CELLQuest Folder \EXP文件夾中，下次進行相同實驗時可直接調用。
本計算機中已設定兩個模式文件：ACQ和EXP，儲存于FACStation G3\BD Applications \CELLQuest \EXP文件夾中，ACQ用于細胞DNA檢測，EXP用于細胞表面標志分析。
三．用CELLQuest進行儀器的設定和調整
1．從蘋果畫面中選取CELLQuest，進入CELLQuest后在File指令欄中打開合適的獲取模式文件。
2．從屏幕上方Acquire指令欄中，選取Connect to Cytometer(快捷鍵： ＋B)進行電腦和儀器的連機。將出現的Acquisiton Control對話框移至合適位置。
3．從Cytometer指令欄中，開啟Detectors/Amps、Threshold、Compensation、Status等四個對話框，并將它們移至屏幕右方，以便獲取數據時隨時調整獲取條件。也可以用 +1，2，3，4獲得此四個對話框。
4．在Detectors/Amps對話框中，先為每個參數選擇適當的倍增模式(amplifier mode)：線性模式Lin或對數模式Log。一般進行細胞表面抗原分析如分析外周血的淋巴細胞亞群時，FSC和SSC多以線性模式Lin測量，且DDM Param選擇FL2，而FL1, FL2與FL3則以對數模式Log測量；分析細胞DNA含量時，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3皆以Lin進行測量，且DDM Param選擇FL2；分析血小板表型時，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3等均以Log進行測量。
5．放上待檢測的樣品，將流式細胞儀設定于RUN，流速可在HIGH 或LOW上。
6．在Acquisiton
Control對話框中，選取Acquire，開始獲取細胞。在以下的儀器調整過程中隨時選取Pause，Restart以觀察調整效果。未*調整好之前不要去掉SETUP前的“?”。
7．在Detectors/Amps對話框中，調整FSC和SSC探測器中的信號倍增度：PMT voltages(粗調)與Amp Gains(細調)，使樣品信號出現在FSC-SSC點圖內,且三群細胞合理分布。
8．在Threshold
對話框中選擇適當的參數設定Threshold，并調整Threshold的高低，以減少噪音信號(細胞碎片)。一般做細胞表型時用FSC－H而做DNA時用FL2－H。Threshold并不影響檢測器對信號的獲取，但可改善畫面質量。
9．從屏幕左列繪圖工具中選取Region(區域)，并在靶細胞周圍設定區域線，即通常所說的門。圈定合適的細胞群可使儀器調整更為容易。
10．Detectors/Amps對話框中，調整熒光檢測器(FL1, FL2, FL3, FL4等)的倍增程度。根據所用的熒光陰性對照樣品調整細胞群，使之分布在正確的區域內。
11．在Compensation對話框中，根據所用的調補償用標準熒光樣品調整雙色(或多色)熒光染色所需的熒光補償。比如應該為FL1+ FL2-
的細胞群卻分布在FL1＋ FL2＋區域內，則需調大FL2－？％FL1中的“？”，并從FL1-FL2點圖中觀察新的調整是否恰當
12．在Status對話框中可見：Laser Power:正常值—Run/Ready為14.7mW，Standby為5mW；Laser current:正常值為6Amps左右。
13．調整好的儀器設定可在Instrument Settings對話框中儲存，下次進行相同實驗時可調出使用，屆時只需微調即可。
本計算機中已有三個名叫儲存于FACStation G3 \BD Applications \CELLQuest Folder\IMM-InstrSettings及FACStation G3 \BD Files \Instrument Settings Files\CalibFile和Mast-Cell-Set的參數文件，前二者可用于分析人白細胞，后者用于分析小鼠肥大細胞。
