1、儀器的檢測通量
在購買定量PCR儀的時候要根據實驗實的需要來選擇不同通量的儀器。目前市面上的熒光定量PCR的檢測通量小到16個多到384個。如果進行一般的基因表達研究或病原體檢測，實在不必購買昂貴的儀器，96孔的通量足夠用；需要尋找要新藥靶點和疾病標記的實驗室可以考慮購買384孔板的儀器。假如經費有限無法購買384孔板儀器的實驗室，可以考慮購買運行速度快（帶有FAST模塊）的96孔板熒光定量PCR儀。
2、硬件設計特點
熒光定量PCR儀主要有傳統的96孔板式、創新的離心式等，每種設計都有它的獨到之處但也都有無法避免的缺憾。
傳統的96孔板的熒光定量PCR可以容納的樣本量大，而且無需特殊的耗材。有些傳統的96孔板的儀器采用鹵鎢燈激發、CCD檢測，這些光學結構在96孔板的頂部，每個樣品孔距光源和檢測器的光程各不相同——邊緣效應，對結果產生影響。為了保證、準確的實驗結果，這類儀器在實驗過程中通常會使用ROX（一種熒光染料）或的Reference dye作為參照校正實驗結果。鹵鎢燈的使用壽命短、更換成本較高已經成為很多用戶頭痛的問題。在實驗過程中鹵鎢燈作為一種熱光源，產生較多熱能對實驗結果有一定的影響。CCD大的優點就是可以同時掃描所有樣品中的熒光信號，但是靈敏度較低，而且同時檢測樣品間的熒光信號存在干擾。像ABI、Bio-rad 公司生產的熒光定量PCR就屬于這一種。但Bio-rad的IQ系列熒光定量PCR帶有梯度功能。
創新的離心式的儀器通常選用LED激發、PMT檢測，離心式的設計上避免了邊緣效應。LED光源是冷光源對實驗沒有影響，因此無需采用其他熒光染料校正儀器，而且使用壽命長無需經常更換。PMT每次只能收集單個熒光信號，但是檢測靈敏度高。但這類儀器運行速度非常快，但也存在樣本量小、耗材昂貴、沒有梯度功能、存在時間積分等缺點。Corbett 的Rotor-gene系列和Roche 的Lightcycler系列均為這一類儀器。
隨著熒光定量PCR技術的使用，聰明的儀器生產商紛紛在傳統的96孔板儀器上大作改進。首先是Stratagene的Mx3000p在檢測上突破了使用CCD改用PMT檢測熒光信號，大大提高了實驗的靈敏度，但激發光源仍然沿用傳統的鹵鎢燈并且沒有梯度功能。Eppendorf 公司推出的Mastercycler ep realplex是一款帶有梯度功能的熒光定量PCR儀，使用了96個LED為激發光源，采用**的CPM（第二代PMT）及96合一光纖為檢測系統，不但避免了邊緣效應還保證所有樣品間的熒光信號沒有干擾。
